श्रीसंत निवृत्तिनाथ महाराजांची समाधि शके १२१९ पासून आहे. तेव्हापासून त्या समाधिची पूजार्चा करण्यासाठी श्री चांगदेव महाराजांचे शिष्य त्र्यंबकेश्वर येथे रहात असत. तेंव्हा पासून ही परंपरा आजतागायत सुरु आहे. सुरुवातीला ही परंपरा गुरु शिष्य परंपरेप्रमाणे चालत असे. नंतर ही परंपरा वंशपरंपरेने पुजारी म्हणून गोसावी घराण्यामध्ये आजहि चालत आहे.
पूर्वी संपूर्ण मंदिर व्यवस्थापन या कुटूंबीयांमार्फतच चालत असे. परंतु १९५० मध्ये धर्मादाय ट्रस्ट कायदा लागू झाल्यानंतर याचे रुपांतर ट्रस्टमध्ये करण्यात आले. व यामध्येहि या घराण्यातीलच विश्वस्थ होते. परंतु यानंतर वारकरी भाविक भक्तांच्या मागणीनुसार भक्तांनासुद्धा यात प्रतिनिधीत्व देण्यात आले. यासाठी चाललेल्या कायदेशीर दाव्यामध्ये संस्थांनचे २५ वर्ष गेली. व शेवटी २०१५ साली नविन तेरा जणांचे विश्वस्तमंडळ पाच वर्षांसाठी स्थापन झाले, त्यामध्ये नऊजण भक्तजनांमधून, तीनजण गोसावी कुटुंबीयांमधून, व एकजण त्रिंबक नगर परिषदेचे मुख्याधिकारी, असे विश्वस्थ मंडळ स्थापन झाले.
